Große Röhrichtflächen bestimmen das Bild im Vogelschutzgebiet Gotteskoogsee. Ein Anteil der Schilfbestände wird im Winterhalbjahr gemäht, um Material für die traditionellen Reetdächer zu gewinnen. Größere Bereiche, insbesondere Schilfflächen, die im Wasser stehen, werden nicht genutzt, da Altschilfbestände wichtige Lebensräume für eine spezialisierte Insekten- und Vogelfauna sind.
Die Röhrichtvögel sind auf ungenutzte Altschilfbestände existenziell angewiesen. Viele dieser Vögel gehören zu den in Europa besonders gefährdeten Arten, die im Anhang 1 der Vogelschutzrichtlinie genannt sind und europaweit unter besonderem Schutz stehen, z. B. Rohrweihe, Rohrdommel, Blaukehlchen und Bartmeise. Das Röhricht bietet für einige dieser Arten in erster Linie sichere Brutplätze (Rohrweihe, Graugans), für andere Arten sowohl sichere Brut- als auch sichere Nahrungsplätze (Rohrdommel, verschiedene Rohrsänger, Blaukehlchen und Bartmeise). Andere Vögel wie z.B. hunderttausende Stare nutzen auf dem Zuge im Frühjahr und Herbst das Schilf als Schlafplatz. Dieses eindrucksvolle Naturschauspiel wird auch „Schwarze Sonne“ genannt.
Die aufgeforsteten Flächen der früheren Halligen, die sich zu einem naturnahen Mischwald entwickelt haben, bieten Habicht, Kolkrabe, Seeadler und anderen Waldvögeln sichere Brutplätze. Der Seeadler brütet hier seit 2004 regelmäßig mit gutem Bruterfolg, da die vielen Graugänse und anderen Wasservögel eine sehr gute Nahrungsgrundlage bieten.
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